Osmanagić je završio četverogodišnji studij Ekonomskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu (1979.-1983.) i diplomirao s ocjenom deset (10). Uporedo je završio i četverogodišnji studij politologije na Fakultetu političkih nauka Univerziteta u Sarajevu (1980.-1984.) te dvije godine studija sociologije (1985.-1987.). Magistrirao je na dvogodišnjem studiju Međunarodne ekonomije Univerziteta u Sarajevu (1983.-1985.) s ocjenom deset. Doktorirao je na predmetu ‘Historija civilizacija’ s temom o civilizaciji Maja na Fakultetu političkih nauka Univerziteta u Sarajevu (1999.-2008.).

Otkrio je 2005. drevni piramidalni kompleks u Visokom (BiH) koji se sastoji od šest kolosalnih piramidalnih građevina te prateće mreže prahistorijskih podzemnih tunela. Ovo globalno arheološko i naučno otkriće iz temelja mijenja narativ o svrsi i starosti piramida u svijetu. Osnivač je, direktor i glavni istraživač neprofitne i nevladine Fondacije „Arheološki park: Bosanska piramida Sunca“, koja rukovodi iskopavanjima i geo-arheološkim istraživanjima od 2005. godine do danas. Vlasnik je i kreator prelijepog ‘Arheološko-turističko-sportsko-umjetničkog parka Ravne 2’ u Visokom koji je postao kulturna oaza Balkana.

Promjenio je imidž Visokog koji je postao turistički centar središnje BiH. Tokom 2023. godine više od 200.000 gostiju iz čitavog svijeta posjetilo je Visoko i to sve bez ikakve finansijske i organizacijske pomoći državnih organa. Nije član nijedne političke partije.

U maju 2009. Osmanagić je primljen za inostranog člana Ruske akademije prirodnih nauka, Odjeljenje Kosmogonije, iz Moskve, koja je jedna od najuglednijih naučnih institucija u svijetu u čijem je članstvu više od dvadeset nobelovaca. Kongres Sjedinjenih Američkih Država je 2013. dodjelio Dr Osmanagiću priznanje (‘Certificate of Recognition’) za njegovo “neumorno zalaganje u izgradnji lokalne zajednice u Houstonu i pomoći useljenicima u Ameriku”. Od 2009. Osmanagić je Inostrani član Društva arheologa Aleksandrije iz Egipta, osnovanog 1895. Prva Globalna konferencija o piramidama održana u Čikagu (SAD) 2016. dodjelila je Dr Osmanagiću ‘Amelia B. Edwards’ nagradu za istraživanje piramida. Dobitnik je specijalnog priznanja Arheološkog fakulteta Univerziteta u Kairu (Egipat) za otkriće bosanskih piramida 2007.

Vijeće Općine Visoko je proglasilo Osmanagića 2006. godine za prvog počasnog građanina Visokog. Dnevni list „San” iz Sarajeva izabrao je Semira Osmanagića za „Ličnost 2007. godine u Bosni i Hercegovini” za njegov istraživački doprinos u projektu Bosanske doline piramida i upornost na pozitivnoj promociji BiH. Skupština Zeničko-dobojskog kantona mu je 2019. dodjelila najveće priznanje kantona Plaketu ZDK. Najtiražniji Dnevni list ‘Dnevni avaz’ proglasio ga je za ‘Ličnost godine 2021.’. Autor je 20 knjiga o piramidama i drevnim civilizacijama prevedenim na 16 jezika. Autor je više od 220 dokumentarnih filmova o arheološkim lokacijama na šest kontinenata.

Prvi je naučnik s Balkana koji je održao predavanje u čuvenoj Aleksandrijskoj biblioteci u Egiptu. Godišnje održi javna predavanja u 45-50 gradova na šest kontinenata. Istraživao je i proputovao 100 zemalja u svijetu. Intervju s njim i dokumentarce o njegovom radu su napravili svi najznačajniji mediji u svijetu (ABC, CNN, BBC, CBS, National Geographic, Discovery Channel, Science Channel, History Channel, NTV, Rai Due, Italia Uno, Espana 5, ZDF, Arte i mnoge drugi).